De veertienjarige Xenia voelt zich slecht thuis in een overgereguleerde maatschappij waarin iedereen zich aan heersende regels houdt, niemand verboden vragen stelt en optimisme een morele plicht is. Referenties aan vroeger zijn verboden en dagelijks nieuws opvallend afwezig. In haar land leven 'de gelukkigste mensen ter wereld', maar zij voelt zich vooral verward. Wanneer een oude man haar vraagt een brief te posten op een verboden eiland, ontdekt ze een fantasierijke wereld waar gevoelens, kleuren en verhalen wel geaccepteerd worden. Het is de plaats waar ze zichzelf zal leren kennen. Digna Sinke, onder meer bekend om haar Tiengemeten-documentaires, maakt ook hier gebruik van het weidse Zeeuwse landschap. En van ontwrichtende beelden van steriele architectuur. Niet de plot, maar de tiener, haar omgeving en de sterk aangezette geluiden vormen deze associatieve film. Hoewel het verhaal zich afspeelt in de nabije toekomst, is Atlantis nadrukkelijk geen sciencefiction, maar een auteursfilm over volwassen worden en de wereld beter leren begrijpen.